何云峰教授对科学哲学也有一定的研究和独到的见解。事实上，其关于认识论的研究、关于知识简单性问题的研究以及关于进化认识论的研究都和科学哲学有着密切的关系，这些问题同时也是科学哲学的重要问题。

何云峰教授关于科学哲学问题的研究主要有：

《论科学理论的选择》，论文，上海：《上海师范大学学报哲学社会科学版》1998年第3期。人大报刊复印资料《科学技术哲学》1998年12期。　
《论科学理论的抗变性追求》，独立论文，西宁：《青海社会科学》1998年第3期。
《科学理论的不变性及其选择问题》，独立论文，上海：《上海师范大学学报（哲社版）》1997年增刊。
《论科学解释及其实现机制》，论文，好汉网2000年3月，http://www.heyunfeng.com。