何云峰教授长期关注认识论和科学哲学的研究。他对知识简单性问题、思维效率问题、进化认识论等的研究具有开创性。还大胆提出了建立知识科学的设想。他对认识论和科学哲学的研究都跟知识问题有关，是较早开始注意知识问题的学者。

在思维效率问题上，他大胆提出了用定量化的方法评定人们的思维成果的问题。在物质生产领域，人们用单位时间生产产品的多少来反映生产效率，但思维领域（整个精神生产领域）却没有统一的评定生产效率的方法。于是，他在专著《思维效率理论与实践》（上海三联书店1994年）一书里详细地设定了一套计量方法，可以广泛运用于科学研究成果的评估之中。该书获得了上海市马克思主义学术著作出版资助基金的资助。全书共20万字。

以下是有关的主要成果之清单：

《思维效率理论与实践》（专著），上海三联书店1994年。
《两种思维具体及其特征》，独立论文，《青海社会科学》1986年第6期。
《认识过程阶段划分刍议》，独立论文，《南充师范学院学报》1986年增刊。
《设计是认识向实践飞跃的中间环节》，独立论文，天津：《天津社会科学》1985年第6期。